В первый год деятельности института физической культуры (1950-1951) научно-исследовательская работа находилась в ведении проректора по учебной работе К.Н. Романовского и была направлена на решение двух задач, связанных с подбором кадров и повышением профессионализма преподавательского состава, в том числе и за счет подготовки и защиты диссертаций.

Второй учебный год (1951-1952) институт работал уже по плану научно-исследовательской работы, утвержденному Всесоюзным комитетом по физической культуре и спорту, где основным направлением деятельности молодого вуза являлось совершенствование техники и методики занятий различными видами спорта (футбол, фехтование, легкая атлетика, гимнастика).

Подготовка кадров высокой квалификации возможна лишь на базе развития вузовской науки, усиления связей вузовской академической и отраслевой науки, обеспечивая единства научной и учебной работы, широкого привлечения преподавателей и студентов к научным исследованиям. Решение столь важной задачи в академии обеспечивают магистратура, аспирантура и докторантура.

Обучение в аспирантуре в ОГИФК-СибГАФК-СибГУФК проводится с 1980 года. С открытием докторантуры в 1994 году начата целенаправленная подготовка специалистов высочайшей квалификации – докторов наук по вышеуказанной специальности. Одновременно при докторантуре введена практика прикрепления к ней соискателей по докторским диссертациям.

В разные годы отдел аспирантуры и докторантуры возглавляли канд. пед. наук, доцент Сусикова Т.С., канд. пед. наук, доцент Аверьянов И.В.

Позже полномочия отдела расширили и в 2009 образовали факультет подготовки научно-педагогических кадров, который был призван обеспечивать учебный процесс по образовательным программам высшего профессионального образования (магистратуры) и послевузовского образования (аспирантуры и докторантуры). Возглавлял факультет Бабушкин Геннадий Дмитриевич – доктор педагогических наук, профессор, заслуженный работник высшей школы РФ.

Позже факультет подготовки научно-педагогических кадров был переименован в научно-педагогический факультет. Его в разные годы возглавляли канд. биол. наук, доцент Таламова И.Г., канд. пед. наук, доцент Ивко И.А. Сейчас декан научно-педагогического факультета – кандидат педагогических наук, доцент Галеева Ольга Борисовна.