В 1967 году организована научно-исследовательской лаборатория, имеющая инженерное направление, первым руководителем которой являлся Вадим Константинович Бальсевич.

   5 октября 1973 года преобразована в Проблемную научно-исследовательскую лабораторию возрастной педагогики спорта (ПНИЛ), основным направлением которой являлись вопросы спортивного отбора и ориентации, а так же инженерного и математического обеспечения детско-юношеского спорта и спорта высших достижений.Созданный на базе ПНИЛ диагностический центр в полном объеме развернул свою деятельность по подготовке спортсменов высокого класса, и комплексные научные группы успешно курировали сборные команды СССР по легкой атлетике и велосипедному спорту на Олимпиаде – 80. В 1986 году научным руководителем ПНИЛ стала Людмила Григорьевна Харитонова, заведующим лабораторией – Юрий Валерьянович Шкляев.

4 октября 1996 года приказом Госкомитета РФ по физической культуре и туризму ПНИЛ преобразована в Научно-исследовательский институт деятельности в экстремальных условиях (НИИ ДЭУ) СибГАФК. Под руководством Ю. В. Шкляева и академика МАН ВШ, доктора биологических наук, профессора Л. Г. Харитоновой НИИ ДЭУ осуществлял деятельность по двум научным проблемам: «Совершенствование физического воспитания и спортивной подготовки, систематизация критериев двигательной активности с учетом возрастных закономерностей моторики и биологической надежности организма» и «Социальная реабилитация, и профессионально-прикладная физическая подготовка аномальных детей». 

В 2011 году директором НИИ ДЭУ СибГУФК являлся кандидат педагогических наук Евгений Александрович Сухачев, заместителем директора по научной работе – доктор биологических наук, профессор Юлия Владиславовна Корягина.

С 2016 года и по настоящее время директором НИИ ДЭУ СибГУФК является кандидат биологических наук Елена Александровна Реуцкая.

На современном этапе научно-исследовательская деятельность в НИИ ДЭУ СибГУФК осуществляется по двум направлениям согласно плана НИОКР Министерства спорта РФ:

1.      «Формирование физической культуры и здорового стиля жизни человека»;

2.  «Научные основы спорта высших достижений (человек в экстремальных условиях двигательной деятельности)».

НИИ ДЭУ осуществляет научно – методическое обеспечение подготовки сборных команд Омска, Омской области, России.